Afrikas reptilianska fauna har två huvudkomponenter. Den första, faunan i Nordafrika, är besläktad med den i centrala och sydvästra Asien och Sydeuropa och är därmed främst en eurasisk fauna. Åkare (Coluber), grävande sand skink (Scincus), och batagurid turtle (Mauremys caspica) är delar av denna fauna i nordafrika.
Nordafrikansk reptil, även om de representerar många familjer, är huvudsakligen markbundna och burrowing. Många lacertid och agamid ödlor scamper över stenar och sand för dag; de ersätts på natten av små geckos och är preyed på av åkare och sand ormar. Förutom cobras, de giftiga ormarna i Nordafrika inkluderar de vanliga vipersna, sågskalade viper (Echis carinatus) och de horned vipers (Cerastes). De två sista är sanna ökendjur och förekommer också i sydvästra Asien.
Vissa reptilianska släkten från Afrika söder om Sahara förekommer också i Nordafrika och i sydvästra Asien. Exempel inkluderar sand ormar (psammophis), kobror och kameleonter (familjen Chamaeleonidae).
Den andra och mycket större delen av den afrikanska herpetofauna är den subsahariska församlingen som sträcker sig från Sahara söderut till Godahoppsudden. I likhet med tropiska Asien, är detta stora område hem för kobror och många skinks och geckos. Dess fauna skiljer sig från Asien genom frånvaron av gropvipers (subfamily Crotalinae), frånvaron av bataguridsköldpaddor och närvaron av några agamid ödlor. Dessa grupper ersätts i tropiska Afrika av de många sanna vipers( underfamiljen Viperinae), sido-necked sköldpaddor (familjen Pelomedusidae), muren ödlor (familjen Lacertidae), och taggig-tailed ödlor (familjen Cordylidae). Många arter av kameleoner och sköldpaddor och tre arter av krokodiler förekommer i Afrika söder om Sahara.
Den stora ön Madagaskar, utanför Afrikas östra kust, har en märklig fauna med sina affiniteter främst till Afrikanska reptilgrupper. På grund av sin långa isolering har Madagaskar distinkta släkten och underfamiljer av kameleoner och andra reptiler.